氣相色譜柱基線問題
氣相色譜基線波動、飄移都是基線問題，基線問題可使測量誤差增大，有時甚至會導致儀器無法正常使用。
1、遇到基線問題時應先檢查儀器條件是否有改變，近期是否新換氣瓶及設備配件。
2、如果有更換或條件有改變，則要先檢查基線問題是不是由這些改變造成的，一般來說，這種變化往往是產生基線問題的原因。有些人在工作中就遇到過這種情形：新載氣純度不夠，換過載氣之后，基線逐漸上升。第二天開機之后，基線非常高，并伴有基線強烈抖動，所有峰都湮沒在噪音中，無法檢測。經過檢查，問題出現在新換的載氣上，重新更換載氣后，立即恢復了正常。
3、當排除了以上可能造成基線問題的原因后，則應當檢查進樣墊是否老化；
4、石英棉是不是該更換了；
5、襯管是否清潔。值得一提的是，清洗襯管時可先用試驗后定容的溶劑充分浸泡，再用超聲波清洗幾分鐘，然后放入高溫爐中加熱到比工作溫度略高的溫度，再重新安裝。
6、此外，檢測器污染也可能造成基線問題，其可以通過清洗或熱清洗的方法來解決。
氣相色譜柱點火故障
在氣相色譜柱正常操作的條件下，按動點火器按鈕，片刻后應能聽到氫氧混合氣點燃時的爆鳴聲，此時將會觀察到基線的偏移。點火后，用涼爽的玻璃片或表面光亮的金屬片等物品放于火焰正上方氣路出口處，片刻可觀察到玻璃片或金屬片表面上水蒸氣冷凝的痕跡。如果出現上述現象，說明儀器點火正常。如果在點火過程中無上述點燃跡象，應再次嘗試點火，若多次點火仍無反應，可認為發生了不能點火故障。
發生不能點火故障的原因有以下幾個：點火組件故障；點火電源無輸出；點火前后氣路配比不當；漏氫氣；氣路中有堵塞；點火電路連線、接頭斷路。
