MMC配基與目標蛋白之間存在多種相互作用模式，包括疏水作用、靜電作用以及氫鍵作用等。

MMC介質的配基密度較高，且具有非鹽依賴吸附特性，并可通過調節pH來實現蛋白的有效洗脫。

蛋白可與MMC介質所偶聯的疏水基團和離子交換基團共同作用：當離子強度較低時，靜電相互作用起主導作用；當離子強度較高時，則疏水相互作用占據主導作用；中等離子強度時，疏水和靜電可能共同作用。

蛋白的洗脫通常有兩個途徑：當以疏水結合為主導時可以通過降低洗脫液pH，通過蛋白和配基之間的靜電排斥作用來實現洗脫；當靜電結合為主導時，則可通過增加離子強度從而減弱靜電相互作用，實現蛋白的洗脫。